Türkiyenin Avrupa Birliği ile ilişkileri iki ayak üzerinde yürümektedir. Bunlardan biri 1963 yılında imzalanan Ankara Anlaşması diğeri ise 3 Ekim 2005’te başlamış olan üyelik müzakereleridir. Üyelik müzakereleri Türkiye için yapılan ve henüz AB Konseyince onaylanarak ilan edilmemiş bulunan Katılım Belgesidir. Avrupa Birliği ile 1995 yılında yürürlüğe giren Gümrük Birliği protokolu ise 1963 Ankara Anlaşmasına dayanarak yapılmış bir mutabakat üzerine kurulmuştur.

Kıbrıs’ın Avrupa Birliğine diğer dokuz üye ile birlikte tam üye olarak katılmasından sonra Avrupa Birliği, Gümrük Birliğinin yeni on üyeyi de kapsayacak şekilde genişletilmesini istemiştir. Türkiye’nin bu birliği Bakanlar Kurulu kararı ile otomatik olarak tevsi etmesi AB tarafından yeterli görülmemiş ve bu hususta bir protokol imzalanmasında israrcı olunmuştur. Avrupa Birliğinin bu protokolun imzalanması ile Türkiyenin, protokolda adı geçen ‘Kıbrıs Cumhurıyeti’ ibaresinin var oluşu nedeni ile Rum kesimini Kıbrıs Cumhuriyeti olarak tanımış olacağı kanaatını taşıdığı düşünülebilir. Ancak Türkiye imza iile ayni zamanda yayınladığı bir deklarasyon ile bu protokolun imzalanmasının Türkiyenin ‘Kıbrıs Cumhuriyetini’ tanıması anlamına gelmeyeceğini ve gümrük birliğinin güney Kıbrısta var olan yönetim ile yürütüleceğini bildirmiştir. Avrupupa Birliği ise cevaben yayınladığı bir deklasyon ile Türkiyenin gümrük birliğini tam olarak uygulamasını istemiş ve bu uygulamayı 2006 yılında gözden geçireceğini beyan etmiştir.

Bu arada ortaya yeni bir konu atılmıştır. Kıbrıs gemi ve uçakları gümrük birliği çerçevesi içerisinde Türk limanları ve hava meydanlarına taşımacılık yapabilir mi? Türkiye bu konuda 1988’e kadar müsaadekar davranmış ancak bu tarihten sonra Rum gemilerinin Türk limanlarına gelmesini yasaklamıştır. Gümrük birliği bu konuda Türkiyeyi zorlar mı sprusuna bir cevap aramak gerekir. Türkiyenin bu yasaklama politikası AB tarafından eleştirilebilir ve bir ihtilaf konusu olabilir. Gümrük Birliği 1963 anlaşması esasına göre yürüdüğünden bu konudaki ihtilafın Türkiye ile üyelik müzakerelerine taşınması geçekte bir şantaj yolu ile bir zorlama niteliği taşıyacaktır. Zira üyelik müzakereleri kabul edilmiş bulunan ‘genel müzakere çerçeve belgesine’ dayanılarak yapılmaktadır. Bu durumda ihtilafın çözülmesi için  Gümrük Birliği protokolunda veya Ankara Anlaşması gösterilen ihtılafların çözülmesi için belirlenen yöntemlere başvurulması gerekir. Gümrük Birliği Anlaşmasındaki ihtilafların çözülmesi maddesi sadece uygulanan gümrük hadleri ile ilgili olduğundan, bu konuda başvurulması gereken belge Ankara Anlaşmasının 25. Maddesidir. Bu maddeye göre

1.    Her Akit Taraf, Anlaşmanın uygulama ve yorumu ile ilgili ve Türkiye’yi veya Topluluğu, Topluluk üyesi bir Devlet ,i ilgilendiren her anlaşmazlığı Ortaklık Konseyine getirebilir.

2.    Ortaklık Konseyi Anlaşmazlığı karar yolu ile çözebilir; keza, anlaşmazlığı Avrupa Toplulukları Adalet Divanına veya mevcut herhangi bir başka tedbirleri almakla yükümlüdür.

3.    Taraflardan her biri, kararın veya hükmün yerine getirilmesinin gerektirdiği tedbirleri almakla yükümlüdür.

4.    Anlaşmazlık, işbu maddenin 2 inci fıkrasına göre çözülememiş ise, Akit Tarafların geçiş dönemi ve son dönemde başvurabilecekleri tahkim ve sair yargı usulü yollarını, Anlaşmanın 8 inci maddesi uyarınca Ortaklık Konseyi düzenler. 

Bu durumda Avrupa Birliği Rum gemileri konusunda israrcı olduğu takdirde, bu ihtilafı çözmek için 25 Maddede gösterilen yolu kullanmak için konuyu ortaklık konseyine getirmesi ve burada sonuç alınamadığı takdirde Ortaklık Konseyinin kararı ile tahkime gidilmesi en doğru yoldur; Avrupa Birliğinin bu yolu seçmemesi halinde bu ihtilafı Türkiye de Ortaklık Konseyinin önüne getirebilir. Buradan nasıl çözüm çıkarsa çıksın mutlaka adil olmak zorundadır; zira Ortaklık Konseyinde kararlarlar oy birliği ile alınmaktadır.